El avance en los métodos analíticos y la necesidad obtención de resultados cada vez más rápidos, certeros y en mayor volumen, ha llevado al desarrollo de nuevos métodos para llevar a cabo la identificación de microorganismos que representan un desafío para la microbiología clínica e industrial, o simplemente para el mantenimiento y control de cepas microbiológicas de interés.

En la actualidad, los métodos más utilizados son con base en identificaciones fenotípicas mediante el uso de metodologías basadas en el uso de pruebas bioquímicas tradicionales o miniaturizadas, sin embargo, la necesidad de obtener resultados más confiables y robustos ha generado que los métodos en reciente aplicación o en desarrollo, apunten a técnicas moleculares o proteómicas.